Das Kapuzinerkloster Waldshut ist ein ehemaliges Kloster des Kapuzinerordens in der Stadt Waldshut am Rhein, Deutschland. Die Grundsteinlegung erfolgte 1654. Die franziskanisch bescheidene materielle Ausstattung, zu der jedoch eine Marienkrönung von Johann Melchior Eggmann, eine umfangreiche Bibliothek und zwei fürstliche Herzbestattungen gehörten, ist verloren beziehungsweise wurde zerstreut. Die Waldshuter Kapuziner waren fest im öffentlichen Leben der Stadt eingebunden. Sie nahmen auch in der Geschichte der Vorderösterreichischen Kapuzinerprovinz eine tragende Rolle ein. Der seit der Aufhebung von 1821 mehrfach vollständig umgebaute Gebäudekomplex wurde ab 1859 vom Spitalfond Waldshut genutzt, dem späteren Krankenhaus und heutigen Klinikum Hochrhein.
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